Аннотация на русском языке: Метилирование ДНК – один из ключевых механизмов регуляции экспрессии генов. Нарушение паттернов метилирования может приводить к развитию онкологических заболеваний. Существует фенотип злокачественных опухолей, характеризующийся плотным гиперметилирование CpG-островков регуляторных областей одновременно многих генов, – CIMP+ (CpG-Island Methylator Phenotype). Выявление этого фенотипа имеет значительную диагностическую и прогностическую ценность, однако до сих пор нет надежных маркеров для его идентификации при раке молочной железы. С целью поиска перспективных маркеров CIMP+ опухолей молочной железы нами разработан скоринг использующий данные проектов TCGA (The Cancer Genome Atlas) и ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) с помощью оригинального приложения CrossHub. В результате проведенного анализа определено, что уровни метилирования CpG-сайтов промоторных областей генов CDO1, ALDH1L1, ALDOC, CLIP4, CYP11A1, ENPP2, GYPC, PTGS2 являются потенциальными маркерами CIMP+ опухолей молочной железы. Для оценки их клинической значимости необходимы исследования на выборках первичных опухолей.

The summary in English: DNA methylation is one of the key mechanisms for the regulation of gene expression. Aberration of methylation patterns can lead to the development of cancer. There is a phenotype of malignant tumors characterized by dense hypermethylation of CpG-islands of regulatory regions of many genes simultaneously – CIMP+ (CpG-Island Methylator Phenotype). The identification of this phenotype has significant diagnostic and prognostic value, but there are still no reliable markers for its detection in breast cancer. In order to find promising markers of CIMP+ breast tumors, we developed a scoring that uses the data of TCGA (The Cancer Genome Atlas) and ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) projects via the original CrossHub tool. As a result of the analysis, it was determined that methylation levels of CpG sites of CDO1, ALDH1L1, ALDOC, CLIP4, CYP11A1, ENPP2, GYPC, and PTGS2 promoter regions are potential markers of CIMP+ breast tumors. To assess their clinical significance, studies on sets of primary tumors are needed.

Ключевые слова: рак молочной железы; метилирование ДНК; CIMP; TCGA
Key words: breast cancer; DNA methylation; CIMP; TCGA